Základnú údržbu vnútornej klimatizačnej jednotky môže majiteľ klimatizácie vykonať aj samostatne, pričom ide najmä o pravidelné čistenie prachových filtrov. Filtre možno opatrne povysávať alebo umyť pod čistou vlažnou vodou a po úplnom vyschnutí ich vložiť späť do zariadenia. Majiteľ klimatizácie môže jemnou handričkou očistiť aj vonkajší kryt a dostupné výduchy, nemal by však klimatizáciu rozoberať ani zasahovať do jej vnútorných častí.
Hĺbkovú dezinfekciu a odborné čistenie klimatizácie je potrebné zveriť servisnému technikovi, ktorý vyčistí výparník vrátane ťažko dostupných lamiel zo zadnej strany, ventilátorovú vrtuľu, kondenzovú vaničku, odtok kondenzátu a ďalšie vnútorné komponenty. Súčasťou odborného servisu je aj kontrola priechodnosti a správneho odvádzania kondenzátu, elektrického zapojenia, kontaktov a celkového technického stavu zariadenia. Technik zároveň skontroluje stav a množstvo chladiva a pri podozrení na únik vyhľadá poškodené miesto pomocou detektora úniku chladiva. Chladivo sa pri správne fungujúcej klimatizácii bežne nespotrebúva, preto jeho úbytok signalizuje netesnosť, ktorú je potrebné najskôr nájsť a odstrániť, samotné doplnenie chladiva problém nevyrieši.
Odborný servis je nevyhnutný vždy, keď klimatizácia zapácha, dostatočne nechladí alebo nekúri, vydáva nezvyčajné zvuky, tečie z nej voda, zobrazuje chybový kód alebo nepracuje správne. Včasný zásah kvalifikovaného technika môže zabrániť rozsiahlejšiemu poškodeniu zariadenia, zníženiu jeho výkonu, zvýšenej spotrebe elektrickej energie aj opakovanému vzniku nepríjemného zápachu. Pravidelný odborný servis preto nie je len otázkou čistoty, ale aj bezpečnej, úspornej a spoľahlivej prevádzky klimatizácie.